Ang Bapor Tabo ay naglalakbay patungong Laguna mula sa Maynila at hirap na hirap sa pagsalunga sa agos ng Ilog Pasig. Kabilang sa mga pasahero ang mga reverendos, and makatang si Isagani, ang manunulat na si Ben Zayb, Donya Victorina, and ating kilala nang si Basilio at si Simoun, and nagbabalatkayong mag-aalahas na walang iba kundi si Ibarra.
Si Basilio, sa tulong ni Kapitan Tiyago, ay nakapag-aral ng medisina. Tuwing uuwi siya sa San Diego ay hindi nakaliligtaang dalawin ang libingan ang libingan ng kaniyang ina. Minsan, sa isang di sinasadyang pagkakataon, sa kaniyang pagdalaw ay nakatagpo niya si Simoun sa libingan na bagamat nagbabalatkayo ay di mabunyag subalit nakapaghunosdili siya at sa halip ay hinimok niya ang binatang maghiganti sa pamahalaang Kastila ngunit ito'y tumanggi sa dahilang nais niyang makatapos ng pag-aaral.


Ang mga estudyanteng Pilipino, sa pamamagitan nina Pari Irene at Don Custodio ay naghain ng kahilingan sa Kapitan Heneral upang magtatag ng Akademya ng Wikang Kastila. Ito'y di pinagtibay ayon sa nais ng mga estudyante sapagkat ang mamamahala nito ay mga prayle at ang mga estudyante ay magiging tagapangilak lamang. Samakatuwid sila'y mawawalan ng karapatan sa ano mang pamamalakad ng nabanggit na akademya.


Samantala, si Simoun ay muling makipagkita kay Basilio upang hikayatin ang binatang umanib sa binabalak na paghihimagsik at mangulo sa gagawing paglusob sa kumbeto ng Santa Clara upang agawin si Maria Clara ngunit ganoon na lamang ang panlulumo ng mag-aalahas nang malaman ang kanilang aagawin ay namatay nang hapong yaon.


Ang mga estudyante, dahil sa tinamong kabiguan sa panukalang pagtatatag ng Akademya ng Wikang Kastila at upang mapawi ang sama ng loob ay nagdaos ng isang salusalo sa Panciteria Macanista de Buen Gusto. Habang kumakain ang mga estudyante ay nagkaroon ng talumpatian at sa talumpating binigkas ay tinuligsang mabuti ang mga prayle ngunit may nagmamanman pala sa kanilang ginagawa sa labas ng pansiteria. Sabihin pa, ang pagtuligsang ito ay nakarating sa mga prayle. Kaya kinabukasan, diumano ay may nakitang nakadikit na mga paskin sa pinto ng unibersidad na naglalaman ng babala, pagtuligsa at paghihimagsik. Ang pagdidikit na ito ay ibinintang sa mga kasapi ng samahan ng mga estudyante kaya sila'y ipinadakip at naparamay si Basilio.
Nilakad ng mga kamag-anak ng mga estudyanteng mapawalang-sala ang mga ito kaya sila'y nakalaya, bukod tangi kay Basilio, dahil sa walang tumulong sapagkat pantay na si Kapitan Tiyago. Si Juli, ang kasintahan ni Basilio ay nakiusap kay Pari Camorrang tulungan ang binata upang makalaya subalit ito pa ang naging sanhi ng pagkamatay ng dalaga gawa ng pagkakalundag sa bintana ng kumbento.


Si Paulita, ang maganda at mayamang dalagang kapitan ni Isagani ay nakipagtalusira sa binata dahil sa kusang pagpapakulong nito upang makiisa sa mga estudyante gayong hindi naman siya dapat naulong at sanhi rin ng magkaiba nilang simulain sa buhay. Sinamantala ito ni Simoun at gumawa ng paraan upang maipagkasundo niyang ipakasal si Juanito kay Paulita. Nakipagsama sa negosyo kay Don Timoteo Pelaez, ang ama ni Juanito, upang maisagawa ang balak na paghihiganti..


Sa tulong ni Simoun ay nabili ni Don Timoteo ang dating bahay ni Kapitan Tiyago, ipinaayos ito ng mag-aalahas sapagkat dito gaganapin ang handaan pagkatapos ng kasal. Kumbidadong lahat ang may mataas na katungkulan sa pamahalaan, mga tanyag na tao sa lungsod at ang magiging ninong sa kasal ay ang Kapitan Heneral.


Sa tulong ni Simoun ay nakalaya rin si Basilio pagkatapos ng dalawang buwang pagkapiit. Kaagad tumungo ito kay Simoun upang sumama sa paghihimagsik. Ipinagtapat sa kaniya ng mag-aalahas ang kaniyang balak sagabi ng kasal. Ipinakita ang isang lamparang may hugis granada at kasinlaki ng ulo ng tao, ang magarang ilawang ito ang magiging handog niya sa ikakasal. Ilalagay ang lamprang ito sa gitna ng kiyoskong kainan, magbibigay ito ng maningning na liwanag subalit pagkaraan ng dalawampung minuto ay manlalabo. Kapag itinaas ang mitsa upang paliwanagin ang ilaw ay puputok ang kapsulang laman nito, sasabog ang granadang magwawasak sa kiyoskong kakanan at walang makaliligtas sa mga naroroon. Ang pagsabog ng dinamita sa lampara ay magiging hudyat upang simulan ang paghihimagsik sa pamumuno ni Simoun.


Samantala nang gabing iyon sa tapat ng bahay ng ikakasal ay nagtatalo ang loob ni Basilio, namamayani pa rin ang kabaitan sapagkat naisip niya ang maraming taong madaramay sa pagsabog ng lampara subalit ng mamataan ang dalwang paring kumbidado sa kasal ay nag-init ang kaniyang damdamin sapagkat naalaala niya ang sinapit ng kaniyang kasintahan. Di-kawasa ay nakita niyang nanaog si Simoun upang lisanin ang bahay na yaon, susundan sana niya ito subalit nakita niyang dumarating ang kaibigang si Isagani upang mag-ukol ng huling sulyap sa dating kasintahan. Pinagsabihan ito ni Basiliong tumakas at lumayo sa tahanang iyon ngunit ayaw siya nitong pansinin. Napilitan tuloy ipagtapat ni Basilio ang tungkol sa lampara.
Nang namataan ni Isaganing lumalamlam na ang lampara ay buong bilis itong pumasok sa tahanan at sinambilat ang ilawan at inihagis sa ilog. Dahil sa pangyayari ay nawalang bisa ang pakana ni Simoun at ang balak na paghihimagsik. Napag-alaman, na ang may pakana ng lahat ay walang iba kundi si Simoun kayat siya'y pinag-uusig ng maykapangyarihan. Tumakas siya at nakituloy sa bahay ni Pari Florentino sa may baybayin ng Dagat Pasipiko. Ayaw niyang pahuli ng buhay kayat uminom siya ng lason. Ipinagtapat niya sa pari ang tunay niyang pangalan at pagkatao. Nasa kasiglahan ng buhay, galing sa Europa, puno ng pag-asa at pangarap, nilimot ang masasamang nangyari sa kaniya nang dahil sa pag-ibig, yaman, laya at kinabukasan. Salamat at nailigtas siya ng isang tapat na kaibigan sa bilangguan. Dahil dito ang paghihiganting nilimot na minsan ay isasakatuparan sa takdang panahon. Tumakas siya dala ang kayamanan ng angkang nakabaon sa gubat, nangibang bansa at doon nagpayaman. Nakilahok sa digmaan sa Cuba sa pagtulong sa magkabilang panig na pareho niyang pinakinabangan. Noon niya nakilala ang heneral na komandante pa lamang. Sa pamamagitan ng salapi, nagawa niya itong maitalaga sa kapulungan. Nang naririto na, ginawa niyang tau-tauhan, pinainan ng salapi kaya lalong nag-ulol ang kasakiman nito. Nagbalatkayo nga siyang isang mag-aalahas na layuning maigupo ang pamahalaan at makapaghiganti sa pamamagitan ng paghihimagsik. Pagkatapos ng mahabang pangungumpisal ay namatay na si Simoun.


Samantala, ang kayamanang naiwan ni Simoun ay inihagis ng pari sa dagat. Habang pinagmamasdan ang talampas ng dagat na iyon ay muling masusumpungan ng tao ang kaniyang itinapon sa kapahintulutan ng Diyos... kapag dakila at banal ang kaniyang layunin. Ngunit makakabuti pa ngang manahanan muna ito sa pusod ng dagat kasama ng mga perlas at korales upang di na ito makapagliko ng katuwiran at mag-udyok ng kasamaan.